Walaupun persetujuan yang jelas belum dicapai, sebilangan besar saintis mematuhi model pengangkutan substrat untuk mengambil kira sifat pemangkin glukosa 6-fosfatase. Dalam model ini, glukosa 6-fosfatase mempunyai tahap kekhususan yang rendah. Pemindahan glukosa 6-fosfat dijalankan oleh protein pengangkut (T1) dan retikulum endoplasma (ER) mengandungi struktur yang membenarkan keluarnya kumpulan fosfat (T2) dan glukosa (T3).[6]

Glukosa 6-fosfatase terdiri daripada 357 asid amino, dan dipasang pada retikulum endoplasma (ER) oleh sembilan heliks transmembran. Terminal N dan tapak aktifnya terdapat di bahagian lumen ER, dan terminal C-nya mengunjur ke dalam sitoplasma. Oleh kerana hubungannya yang ketat dengan ER, struktur sebenar glukosa 6-fosfatase masih tidak diketahui. Walau bagaimanapun, penjajaran jujukan telah menunjukkan bahawa glukosa 6-fosfatase secara struktur adalah serupa dengan tapak aktif kloroperoksidase berkandungan vanadium yang terdapat dalam Curvularia inaequalis.[7]

Berdasarkan kajian kinetik pH pemangkinan glukosa 6-fosfatase-α, ada cadangan bahawa hidrolisis glukosa 6-fosfat telah diselesaikan melalui perantaraan glukosa 6-fosfat fosfohistidina kovalen. Tapak aktif glukosa 6-fosfatase-α pada mulanya dikenal pasti dengan kehadiran motif tandatangan fosfat terpelihara yang biasanya ditemui dalam fosfatase lipid, fosfatase asid, dan haloperoksidase vanadium.[4]

Sisa-sisa penting dalam tapak aktif haloperoksidases vanadium termasuk Lys353, Arg360, Arg490, His404 dan His496. Sisa yang sepadan dalam tapak aktif glukosa 6-fosfastase-α termasuk Arg170 dan Arg83 yang menderma ion hidrogen kepada fosfat, menstabilkan keadaan peralihan, His119 yang menyediakan proton kepada oksigen terdefosforilasi yang melekat pada glukosa, dan His176 yang melengkapkan serangan nukleofilik ke atas fosfat untuk membentuk perantara enzim fosforil terikat secara kovalen.[1] Dalam kloroperoksidase berkandungan vanadium, Lys353 didapati menstabilkan fosfat dalam keadaan peralihan. Walau bagaimanapun, sisa yang sepadan dalam glukosa 6-fosfatase-α (Lys76) berada dalam membran ER dan fungsinya, jika ada, pada masa ini tidak dapat ditentukan. Dengan pengecualian Lys76, sisa-sisa ini semuanya terletak pada bahagian lumen ER.[4]

Glukosa 6-fosfatase-β ialah protein membran asid 346 amino yang dinyatakan di merata tempat, dan berkongsi 36% identiti jujukan dengan glukosa 6-fosfatase-α. Dalam enzim glukosa 6-fosfatase-β, penjajaran jujukan meramalkan bahawa tapak aktifnya mengandungi His167, His114 dan Arg79. Sama seperti tapak aktif glukosa 6-fosfatase-α, His167 ialah sisa yang menyediakan serangan nukleofilik, dan His114, dan Arg79 ialah penderma hidrogen. Glukosa 6-fosfatase-β juga disetempat dalam membran ER, walaupun orientasinya tidak diketahui.[4]